研究多肽結(jié)構(gòu)的主要目的是說(shuō)明其氨基酸組成和序列是否正確，如果多肽分子中含有胱氨酸，則應(yīng)明確其狀態(tài)(氧化狀態(tài)或還原狀態(tài))，確定含有多種半胱氨酸的多肽的正確二硫鍵連接位置。對(duì)于一些長(zhǎng)肽，可能還需要利用核磁共振、圓二色譜等方法研究其空間結(jié)構(gòu)(如二、三級(jí)結(jié)構(gòu))。

對(duì)于短肽，元素分析、紅外光譜、核磁共振光譜、氨基酸構(gòu)成分析、光譜等常用方法有時(shí)足以說(shuō)明結(jié)構(gòu)特征。如果從上述測(cè)試中獲取的信息難以合理分析和分配，則應(yīng)進(jìn)行氨基酸測(cè)序。

中、長(zhǎng)肽應(yīng)對(duì)氨基酸組成和氨基酸序列進(jìn)行分析。氨基酸序列的一般方法是Edman分解，這是測(cè)定N-末端氨基酸的化學(xué)方法?；诳焖僭愚Z擊、電噴霧、現(xiàn)場(chǎng)分析和激光分析質(zhì)譜等多種技術(shù)的質(zhì)譜技術(shù)可以提供多肽分子量和序列信息，是Edman分解的良好補(bǔ)充。

對(duì)于含有20多個(gè)氨基酸殘基的肽，如果不能直接確定其序列，可以根據(jù)肽的分子量和氨基酸構(gòu)成的特點(diǎn)，利用特定的蛋白水解酶將其分解成小段，分析各段的序列。

肽含有非天然氨基酸和氨基酸衍生物時(shí)，必須在結(jié)構(gòu)研究中確認(rèn)。這個(gè)時(shí)候在相應(yīng)的研究中研究這些非天然氨基酸和氨基酸衍生物的配方行為。

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