1、確定抗體的用途（應用程序），并開展一個新的研究項目。有必要澄清感興趣的蛋白質的一些基本特征，特別是如果你知道蛋白質的存在，它將非常有助于選擇抗體易于接觸和識別的識別區(qū)域。然而，如果沒有如此準確的結構信息（主要是在這種情況下），理解研究的用途（應用程序）將影響多肽設計的策略。例如，如果研究重點集中在不同的蛋白質區(qū)域，如C端或N端，或在特定狀態(tài)下的蛋白質，如磷酸化，則根據(jù)所需序列設計的多肽和相應的應用程序

2、一般來說，理想的抗原識別區(qū)域應具有親水性、蛋白質表面和結構變形性等特點。因為在大多數(shù)自然（自然）環(huán)境中，親水區(qū)往往集中在蛋白質表面，而疏水區(qū)往往包裹在蛋白質中。同樣，抗體只能與蛋白質表面發(fā)現(xiàn)的識別區(qū)域相互作用。當這些識別區(qū)域具有足夠的結構變形性并轉移到抗體可接觸的位置時，它們將與抗體具有高度的親和力。

3、連續(xù)和不連續(xù)識別區(qū)域的連續(xù)區(qū)域是指由連續(xù)氨基酸序列（殘留基礎）組成的識別區(qū)域。大多數(shù)抗體是針對連續(xù)識別區(qū)域的?？贵w可以與此類區(qū)域結合，具有很高的親和力，表明該序列不在蛋白質中。不連續(xù)識別區(qū)域是指具有一定折疊的多肽序列或連接兩個分離的多肽的抗體識別區(qū)域。在某些情況下，也可以產生這種不連續(xù)識別區(qū)域的抗體，但用于免疫的抗原肽必須具有與不連續(xù)識別區(qū)域相似的二次結構，序列的長度必須相同。

4、為了避免隱藏在蛋白質中的風險，我們通常建議選擇蛋白質的N和C端產生的相應抗體，以避免隱藏在蛋白質中的風險。因為在完整的蛋白質中，N，C端通常暴露在蛋白質表面。但是，必須注意的是，膜蛋白的C端疏水性太強，不能用作抗原。

5、我們通常建議抗原多肽的序列長度在8-20個氨基酸殘留基礎之間。如果序列長度過短，則存在多肽過于特殊、抗體與天然蛋白質之間親和力（結合能力）不足的風險。同樣，如果序列長度超過20，則可能導入二次結構，產生的抗體可能會失去特異性。此外，肽鏈越長，合成通常越困難，因此不容易獲得高純度產品。

6、選擇載體蛋白交聯(lián)

基本原則：在遠離抗體識別區(qū)域的一端添加載體蛋白。如果序列中沒有Cys，則在N或C端添加Cys是交聯(lián)的首選方法。

7、常用分析軟件MacVecforTM；DNAstarTM；PC-GeneTM。

寫到最后：

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